O estudante de doutorado deverá inscrever-se para a realização do exame de qualificação num período máximo de 21 (vinte e um) meses após o início da contagem do prazo no curso e ter completado no mínimo 10 (dez) créditos em disciplinas.
O objetivo do exame de qualificação no Doutorado é avaliar a capacidade do candidato de desenvolver, de forma independente, o seu projeto de tese, dentro de sua área de pesquisa. Para o Doutorado é exigida a apresentação de um artigo original de pesquisa
completo, relacionado ou não à tese, diferente do anexo de publicação da mesma, elaborado no período em que o aluno estiver matriculado no curso, tendo o aluno e orientador como autores. O aluno deverá apresentar cópia do artigo completo, além do comprovante de submissão, carta de aceite ou cópia da versão final publicada em um periódico indexado, no mínimo, no Pubmed. O trabalho deverá ser analisado por uma Comissão examinadora constituída por 3 (três) membros designados pela CCP, com titulação mínima de doutor e com domínio da temática do trabalho desenvolvido pelo estudante. Pelo menos um membro deve ser orientador pleno do Programa. Um trabalho deverá qualificar apenas um aluno. O aluno poderá, ainda, optar por apresentar relatório com revisão de literatura sobre o tema de sua Tese e resultados preliminares para serem avaliados por uma comissão examinadora. A comissão examinadora deve ser constituída por 3 (três) membros designados pela CCP, com titulação mínima de doutor e com domínio da temática da monografia desenvolvida pelo estudante. Pelo menos um membro deve ser orientador pleno do Programa. A Comissão Examinadora deverá avaliar o relatório apresentado pelo estudante segundo sua fundamentação científica, adequação do desenho e métodos utilizados em relação aos objetivos e hipóteses, relevância dos resultados obtidos e seu impacto social e articulação das ideias na discussão. A atualidade e a pertinência das referências bibliográficas e o potencial de  publicação também serão avaliados. A exposição oral, em sessão pública, terá duração mínima de vinte e máxima de trinta minutos, sendo seguida de arguição pela Comissão Examinadora. A duração máxima do exame será de 3 horas.